续接亚古斯奥特曼第一部，在平成世界里亚古斯奥特曼和戴拿奥特曼一同与索菲亚球体展开了最终决战。但是随着索菲亚球体的消亡而出现了神秘黑洞，最后亚古斯奥特曼奋力力将戴拿推开黑洞吸力所在地，自己却被卷入了黑洞之中。

原来在黑洞的另一端竟然是奥特之星的时空，亚古斯奥特曼亦是被巡逻在M78星云附近的初代奥特曼所救下了。此后亚古斯奥特曼与梦比优斯前往怪兽墓场，与那里的黑暗三将激斗起来.....

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